El ejemplo del nazismo no abona su posición desconfiada respecto a la razón, sino que es un caso de lo que usted cita: "un armazón racional con algún supuesto irracional puede conducir a cualquier lado."
El nazismo no se basa en supuestos racionales, en evidencia alguna, y no porque sus acciones tuvieran método, se vuelve racional y fruto de la razón el nazismo.

"¿Quién define la irracionalidad de un supuesto?"
La intersubjetividad. La empresa científica colectiva guiada por un método sujeto a contrastación. De ahí que, por ejemplo, yo confíe más en la medicina actual que en la de hace dos siglos. Sin que esto signifique nunca que nuestro conocimiento ha llegado a la culminación de su exactitud.

El balance energético, aplicado fuera de su campo original de funcionamiento, no tiene más de racional que el "jogo bonito" aplicado a la teoría gravitatoria.

La razón no elige nada. Uno sí puede elegir irracionalmente y tratar de "racionalizar" su elección. Pero estas racionalizaciones están sujetas al escrutinio de los demás participantes en el debate, mediante lo cual las teorías son corregidas y hasta rechazadas.