Estimado Santiago, cito la observación del propio Borges:

"Al caer, perdió el conocimiento; cuando lo recobró, el presente era casi intolerable de tan rico y tan nítido, y también las memorias más antiguas y más triviales".

Supongo que Borges sugiere que la percepción individual de cualquier momento es íntegra y que la desmemoria no es otra cosa que una tendencia mental a la omisión de detalles inútiles. (Oí muchas veces que las personas suelen recordar datos aparentemente inadvertidos cuando son inducidas a estados alterados de la consciencia; pero como en este asunto siempre aparecen los nombres de pseudocientíficos como Brian Weiss, presumo que se tratará de una superstición. De todos modos, conocí al menos una persona con memoria fotográfica, capaz de hojear un libro en minutos y de repetir luego con exactitud cualquier texto que uno le solicitara indicándole por ejemplo el número de la página; también podía resolver problemas matemáticos y físicos bastante complejos mentalmente y en segundos. Nunca pude descubrir que existiera ningún truco y, a decir verdad, esta persona jamás reclamó condición sobrenatural de mago, adivino, mentalista o gurú de la New Age; sólo lo menciono como una remota probabilidad de la existencia de una memoria total y exhaustiva.)

De todos modos, el tullido Funes es —según las palabras de su propio creador— una ardua metáfora del insomnio; la referencia al Zarathustra de Nietzsche hace evidente su condición de artificio literario.

Pero imagino que la respuesta lineal y concreta a tu pregunta es la que propone Borges: los recuerdos anteriores de Ireneo Funes —de por sí inusuales— fueron exacerbados por las consecuencias del accidente.